Discovery Studio 2021是一款非常強大的化學實驗軟件，它的主要功能就是幫助用戶編輯化學教程時候，能夠擁有更多的模型和圖紙設計方案。使用它，用戶可以通過高質(zhì)量的圖形、多年專業(yè)驗證的技術以及集成的環(huán)境，輕松制作出各種高精度的3D分子模型。

【軟件功能】

　　一、基本界面和顯示模塊

　　1、Discovery Studio Standalone

　　可視化界面，是利用軟件進行分子設計和模擬的基礎，支持服務器-客戶端安裝在同一臺機器上的運行模式。與Pipeline Pilot Server結合在一起，提供化學/生物學數(shù)據(jù)顯示、模擬/分析、構建三維分子、展示動態(tài)變化、三維作圖及許多其它功能。

　　2、Visualizer Client

　　是服務器-客戶端運行模式中、客戶端的可視化界面，用于訪問和使用服務器端的軟件。必須與服務器端配置的Pipeline Pilot Server協(xié)同工作，為用戶提供無與倫比的數(shù)據(jù)、工作流程和計算資源共享。

　　二、蛋白質(zhì)模擬模塊

　　1、DS MODELER

　　只要給出未知結構序列與另一個已知三維結構蛋白的比對，利用工業(yè)標準的快速同源模建方法，便可自動并快速產(chǎn)生優(yōu)化的蛋白同源模型。對于靶標發(fā)現(xiàn)及蛋白家族功能結構分析，MODELER是一個理想的解決方案。用MODELER還可以模擬蛋白突變，進行l(wèi)oop區(qū)模建及基于結構的比對并構建有配體結合的蛋白結構模型。結合Sequence Analysis模塊，可以全自動完成抗體Loop區(qū)模建。結合軟件里模擬及以結構為基礎的藥物設計的功能模塊，用MODELER還可以深入研究蛋白結構及功能的關系。

　　2、DS Protein Refine

　　利用CHARMm對模建好的蛋白質(zhì)進行側鏈和loop區(qū)的優(yōu)化，提高蛋白質(zhì)模型的準確性。

　　3、DS Protein Health

　　蛋白質(zhì)三維結構合理性評價工具。Protein Health模塊運用Profiles 3D方法，通過將三維結構的結構環(huán)境與特定氨基酸殘基的優(yōu)先外界環(huán)境相比較，獲得相關結構性質(zhì)與氨基酸序列信息之間的關系。通過Protein Health模塊的分析，用戶可以方便快速地找到蛋白質(zhì)結構中不合理的區(qū)域。

　　4、DS Protein Families

　　通過分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三維結構上的保守殘基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能機制。Protein Families的簡單易用的流程（protocols），也可一步步地引導用戶進行分析，從蛋白家族的序列或者結構比對，到進化蹤跡分析。而進化蹤跡分析包括用分層聚類的方法來建立蛋白家族系統(tǒng)樹圖以及把這些得到的功能注釋信息畫到你的三維結構上去。進行序列比對時，允許根據(jù)需要對比對結果添加約束，提高活性部位關鍵殘基的比對效果。

　　5、DS Sequence Analysis

　　與功能已知的其它蛋白的序列進行比對，是確定某一蛋白生物功能的第一步。用Sequence Analysis也可以讓用戶通過通用的BLAST及PSI-BLAST算法來搜索本地數(shù)據(jù)庫或者NCBI網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫，確定蛋白序列的同源區(qū)域。結果在交互的報告格式里面顯示以方便進行進一步的分析及在其它模塊里面的使用。使用Blast搜索PDB或PDB_nr95數(shù)據(jù)庫時，結果文件中可以顯示輸出蛋白質(zhì)的SCOP ID， Ligand ID以及X射線分辨率等信息。