Jmol 是一款基于HTML5瀏覽器和獨立Java瀏覽器的3D化學結構的開源瀏覽器，主要用于瀏覽和編輯分子模型和二級結構示意圖，可以測量距離、鍵角和扭轉角，支持CML，GAMESS，Ghemical等文件格式，具有開源自由的特點。

【功能特色】

　　1、適用于所有現(xiàn)代瀏覽器的HTML5 / canvas圖形，包括iOS和移動設備

　　2、極低的占地面積選項(50K)，用于簡單的交互式結構顯示

　　3、其他服務器端Java，獨立Java和簽名Java小程序選項

　　4、完整的晶體學對稱能力

　　5、加載許多曲面格式并??動態(tài)創(chuàng)建和顯示曲面

　　6、易于定制的基于Web的界面兼容(并且需要)jQuery

　　7、記錄良好的腳本語言，包含1000多個令牌

　　8、讀取超過60種文件格式，包括PyMOL(PSE)會話文件

　　9、從體積(CUBE)數(shù)據(jù)創(chuàng)建高度壓縮(300：1)表面文件

　　10、導出為GIF，JPG，PNG，PDF，WRL，POV-Ray，OBJ格式

　　11、為純HTML5應用程序使用定制的，優(yōu)化的Java-to-JavaScript編譯

　　12、用于客戶端JavaScript的Swing和PDF導出的通用JavaScript庫

　　13、JSpecView模塊功能：

　　14、閱讀JCAMP-DX，CML，AnIML格式

　　15、交互式實際和預測的1H NMR光譜

　　16、交互式IR，拉曼，NMR，GC / MS，UV / VIS光譜

　　17、光譜以PDF格式生成

【使用說明】

　　利用Jmol軟件顯示分子3D模型

　　用Jmol軟件顯示分子3D模型主要有兩種方式：一是利用本地Jmol軟件顯示分子模型，只需打開軟件后，打開或拖拽入需顯示的前述兼容格式的分子模型即可；二是在網(wǎng)頁中調(diào)用Jmol程序顯示分子模型，這需要一定的HTML語言和Java語言知識（可參考網(wǎng)絡教程[11]），例如將甲烷3D模型（methane.pdb）嵌入本地HTML網(wǎng)頁，可利用Dreamweaver建立HTML網(wǎng)頁，則要按圖1編寫HTML代碼，需注意調(diào)用Jmol.js和methane.pdb的相對地址，圖1中HTML代碼是網(wǎng)頁和他們都處于同一目錄，完成后打開網(wǎng)頁即可得到最簡單的網(wǎng)頁Jmol3D交互模型。

　　Jmol3D模型交互操作

　　Jmol3D模型的交互操作可粗略分為：腳本交互和鼠標交互兩種，前者是利用編程技術將交互內(nèi)容事先編好，要求使用者具有一定的Java編程基礎，適于Jmol3D模型開發(fā)者，有興趣的讀者可參閱Robert M. H開發(fā)的Jmol交互式腳本文檔網(wǎng)站進行查詢和學習[14]；后者則更適于普通用戶，用戶只需要操作鼠標（少數(shù)需要鍵盤配合）即可完成對模型轉動、縮放、顯示鍵角、顯示鍵長等數(shù)十種交互操作。

　　鼠標交互操作又可細分成鼠標操作和鼠標右鍵操作，鼠標右鍵操作內(nèi)容豐富，操作時在Jmol程序運行界面內(nèi)點擊右鍵即可看到：“模型1/1、設置、選擇、查看、樣式、顏色、表面、對稱性、縮放、旋轉、振動、動畫、測量、鼠標拾取、控制臺、顯示、文件、計算、語言、關于”等20項右鍵一級菜單，繼續(xù)點擊可看到這些菜單下的數(shù)十項供選擇的子菜單，本文只對鼠標右鍵菜單常用操作以及最新版本新出現(xiàn)的操作進行簡介。